常用的計數(shù)方法主要有手工計數(shù)(如利用改良牛鮑計數(shù)板)和細(xì)胞計數(shù)儀計數(shù)(經(jīng)費充裕組常備)。從原理來說，這兩種方法基本類似，大致是通過臺盼蘭或者熒光染料染色后，用肉眼或者用攝像機拍照后進行計數(shù)，差別就是前者人累，且精準(zhǔn)度和穩(wěn)定性較差；后者不累人，且精準(zhǔn)度和穩(wěn)定性較好。

　　單細(xì)胞測序?qū)嶒灥牡谝徊绞菃渭?xì)胞懸液的制備，而懸液制備中細(xì)胞計數(shù)的準(zhǔn)確性直接影響單細(xì)胞測序的數(shù)據(jù)質(zhì)量。

　　1.  計數(shù)板

　　用96%酒精沖洗計數(shù)板后，用干凈鹿皮擦凈，另擦凈蓋片一張；把蓋片覆在計數(shù)板上面，使之微微移向一側(cè)，露出計數(shù)板臺面少許，以便滴加細(xì)胞懸液；

　　2.  染色

　　取吸管1 支，伸入培養(yǎng)瓶中，輕輕反復(fù)吹打細(xì)胞懸液使細(xì)胞重懸均勻后，立即吸細(xì)胞懸液少許，向另一離心管中滴入細(xì)胞懸液9 滴，再滴入臺盼藍(lán)染液1 滴，混勻，置2~3 分種；

　　3.  加懸液

　　把計數(shù)板平放在顯微鏡臺上，立即從計數(shù)板邊緣輕輕滴1~2 滴已染色的細(xì)胞懸液，使之充滿計數(shù)板和蓋片間空隙中；

　　4.  鏡檢

　　鏡下觀察可見細(xì)胞分散各處，健康細(xì)胞胞體完整，透明不著色，凡著色細(xì)胞均為不健康者。計算四角大方格內(nèi)的細(xì)胞數(shù)；壓中線者只計算左線和上線者，右線和下線不計算在內(nèi)(即僅計算壓兩個邊的細(xì)胞)。

　　5.  接種培養(yǎng)

　　通過計數(shù)測知懸液中細(xì)胞數(shù)后，可根據(jù)實驗所需細(xì)胞數(shù)量向培養(yǎng)容器中接種。細(xì)胞接種數(shù)量隨實驗?zāi)康摹⒀搴亢图?xì)胞生物性狀而定；一般接種量在1~10x105細(xì)胞/毫升范圍，實驗周期短，希望細(xì)胞增殖較快時，接種量可大些。用含血清量大的培養(yǎng)液培養(yǎng)胚胎來源細(xì)胞、無限細(xì)胞系和惡性細(xì)胞系時，細(xì)胞接種數(shù)量不宜太大。